Nelle indagini dell'operazione The Terminal, coordinata dal procuratore Capo di Palermo Francesco Lo Voi, con l'aggiunto Dino Petralia e il pm Luca Battinieri, è finito anche l'incidente aereo della Windjet avvenuto nello scalo Falcone Borsellino il 24 settembre 2010. Come si legge nell'ordinanza la consulenza è stata prima commissionata e pagata 20 mila euro a un ex capitano dell'Alitalia Filippo Capuano e poi ricomissionata e pagata circa 54 mila euro alla società Cometa, riconducibile sempre a Capuano. "Era per trovare una formula per darti soldi", diceva Scelta a Capuano. Fu Capuano a suggerire la soluzione: "Usa il contratto quello dell'incidente". Scelta raccolse subito l'invito a proposito del contratto: "E lì che attività abbiamo per poterti dare qualche cosa, me lo devo ripigliare, perché neanche me lo ricordo più". Nel corso dell'indagine è emerso che la società Cometa era stata incaricata per realizzare uno strato di calcestruzzo per consentire la decelerazione dei velivoli in fase di atterraggio. "La società Cometa fu incaricata della realizzazione del cosiddetto Emas - ha raccontato l'ingegnere Nicolò Pecoraro della Gesap convocato alla squadra mobile - uno strato di calcestruzzo particolare che serve alla decelerazione degli aeromobili in caso di fuori pista. Il comandante Capuano portò all'interno di alcuni magazzini dell'aeroporto i materiali che dovevano servire per la produzione, l'ho visto un paio di volte, di fatto l'attività di sperimentazione all'aeroporto di Palermo non è stata mai avviata". Costo dell'operazione 170 mila euro, nel 2012.
In un'intercettazione con l'imprenditore romano Stefano Flammini, anche lui raggiunto da un'ordinanza del gip Walter Turturici, sottoposto alla misura interdittiva della sospensione per un anno da qualsiasi carica societaria, Scelta parla della progettazione della nuova torre di controllo Enav, "incarico pretestuosamente affidato - dice il gip - da Gesap alla società di Flammini in quando la struttura non è di pertinenza della società di gestione dello scalo ma dell'Ente di controllo aereo. Flammini chiede a Scelta di liquidare le fatture perché sono state inserite comunque nel bilancio della società. "Ma emettile le fatture - lo tranquillizza Scelta - futtitinni, tanto non ti abbandono Stefano, ma scherzi?". Sulla vicenda della torre, anche l'ingegner Antonino Taragnolini (il suo ruolo sarebbe stato progressivamente ridimensionato dopo l'arrivo di Scelta) ha da ridire e non vuole bollare la buona esecuzione della consulenza progettuale. "E' arrivata - dice - questa che parla di manutenzione piano di sviluppo torre Enav, mi crea ancora di più imbarazzo - dice Taragnolini - secondo me per questa prestazione non ci sono i presupposti per andarla ad esitare così come è stata presentata la fattura".